Die Erde ist gerettet. Der Allspark durch Megatron zerstört. Das hatten sich zumindest die Zuschauer am Ende des ersten Transformer-Teils gedacht. Doch ein Stück des Kristalls ist an den Sachen von Sam Witwicky (Shia LaBeouf) hängengeblieben. Als er das College besucht wird er von seltsamen Visionen überfallen. Irgendwie scheint er die Lösung zur Rettung der Erde in sich zu tragen. Optimus Prime, der Anführer der Autobots, braucht Sams Hilfe. Am Anfang spricht er: »In den letzten beiden Jahren hat eine Vorhut neuer Autobots hier unter meinem Kommando Zuflucht gefunden. Gemeinsam bilden wir eine Allianz mit den Menschen. Eine geheime, doch mutige Truppe von Soldaten.
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Ein geheimes Einsatzkommando mit der Bezeichnung >Nest< jagt die letzten unserer Decepticon-Feinde die sich in verschiedenen Ländern, über den Globus verteilt versteckt halten?« Sam soll mit dem Sicherheitsberater Theodore Galloway (John Benjamin Hickey) reden und über eine Zusammenarbeit der Autobots und der Regierung verhandeln.
Megatron ist zurück und sehr an den Informationen, die sich in Sams Gehirn befinden interessiert. Dort hat sich nämlich der Code, durch den Allspark übertragen, zur endgültigen Zerstörung der Erde eingenistet.
Ein erneuter Kampf zwischen Autobots und Decepticons wird entfacht. Doch sie sind diesmal nicht die einzigen Gegner der Autobots. Eine noch viel größere Bedrohung hat sich angekündigt?